Vega verneområdestyre består av tre politiske representanter; to fra Vega kommune og en fra Nordland fylkeskommune. Sekretariatet for verneområdestyret er verneområdeforvalter som er ansatt hos Fylkesmannen i Nordland, men med lokalt kontorsted. Forvalteren skal sammen med styret se til at forvaltningen av verneområdene gjennomføres i samsvar med verneforskriftene for de enkelte verneområdene, naturmangfoldloven, nasjonale miljømål og internasjonale forpliktelser.
Det nåværende styret ble konstituert 21.mars 2016, med følgende medlemmer:
- For Vega kommune: medlem Andre Møller (leder), vara Hilde Sprækenhus.
- For Vega kommune: medlem Kjartan Sørøy, vara Ann Hege Lervåg.
- For Nordland fylkeskommune: medlem Hanne Wika (nestleder), vara Per Christian Brennevik Jacobsen
Jannike Wika er ansatt som verneområdeforvalter og sekretær for Vega verneområdestyret.