Formålet med Anárjokka nasjonalpark er å bevare et stykke av Finnmarksvidda med et representativt utvalg av de naturtyper som forekommer der, så som furuskog, bjørkeskog og vidde med kratt, myr, vatn, elver og låge fjell. Dyre- og plantelivet skal få utvikle seg mest mulig fritt uten menneskelig påvirkning.