Formålet med Fregn naturreservat er å bevare et naturskogspreget barskogsområde som har særskilt betydning for biologisk mangfold. Videre er formålet å ta vare på variasjonsbredden i økosystemer, naturtyper, arter og genetisk mangfold. Av spesielle kvaliteter har området store arealer med gammel furu- og granskog på kalkrik grunn med et rikt artsmangfold. Området er på grunn av sin naturtilstand, produktivitet og egenart av særskilt naturvitenskapelig betydning.