Formålet med Ytre Karlsøy marine verneområde er å ta vare på et representativt ytre kystområde, med stor variasjon i eksponeringsgrad, dybder og strømforhold og spennvidde i biotoper og habitater, herunder forekomster av blant annet stortareskog, skjellsand, bløtbunn og israndavsetninger, samt et stort felt med haneskjell, og med stor verdi som næringssøkområde for store mengder fugl. Det er en målsetting å beholde verneverdiene uten større grad av ytre påvirkning.