Formålet med vern av Minilldalsmyrene er å bevare et stort, uvanlig myrområde i denne naturgeografiske regionene, samt å bevare et vakkert landskap og en rik fuglebiotop.

Minilldalsmyrene dekker et stort, flatt landskap, inkludert gamle setervoller, omkring elven Minilla. Området er fattigmyr og flatmyr dominert, men man finner også vierskoger, omgitt av løvskoglier, som omringer myren. Dette utgjør et landskap helt egenartet for Trollheimen. Naturreservatet har et rikt fugleliv av ender, vadere og rovfugl. Dessverre mangler forvaltningen tilstrekkelig med kunnskapsgrunnlag knyttet til området, spesielt knyttet til fugl og forstyrrelse fra ferdsel og aktivitet.

Det er et stort antall hytter utenfor verneområdet, som gjør reservatet lett tilgjengelig for friluftsliv. Det kjøres blant annet opp skiløyper om vinteren til glede for mange turinteresserte og hytteeiere. Myrens beliggenhet nært store hytteområder gjør det ekstra viktig å følge utviklingen av fuglebestanden over tid, og særlig vurdere dette oppimot ferdsel i ulike tider av året. Av hensyn til fuglelivet, er det derimot ikke ønskelig at det trenes med fuglehund innenfor reservatgrensene.