Formålet med Varangerhalvøya nasjonalpark er å bevare et stort i det vesentlige urørt naturområde, tilnærmet fritt for tekniske inngrep, som sikrer biologisk mangfold med økosystemer, arter og bestander. I dette inngår blant annet å bevare den mest arktisk pregete del av fastlands-Norge med spesielle landformer og avsetninger etter istida, et plante- og dyreliv med østlige og arktiske innslag, et kjerneområde for fjellrev og unike samiske kulturminner. I sone A er det avgrenset et særlig viktig myr- og våtmarksområde med stor vitenskapelig betydning som referanseområde og med egenart i form av mange småvann og myrdammer. Området gir leveområder for en rik og variert fauna av våtmarksfugl, også trua arter. Området er svært viktig for sædgås og dverggås. Allmennheten skal gis anledning til naturopplevelse gjennom utøvelse av tradisjonelt og enkelt friluftsliv med liten grad av teknisk tilrettelegging. Ivaretakelse av naturgrunnlaget innenfor nasjonalparken er viktig for samisk kultur og næringsutnyttelse. Området skal kunne brukes til reindrift