Formålet med Rauerfjorden marine verneområde er å ta vare på et område som inneholder truet, sjelden og sårbar natur, representerer bestemte typer natur og som har særskilt naturvitenskapelig verdi. Det er en målsetting å beholde verneverdiene i området i mest mulig urørt tilstand, og området skal kunne tjene som referanseområde for forskning og overvåkning.