Formålet med Innervisten marine verneområde er å ta vare på et smalt sund med et markant terskelbasseng innenfor og undersjøiske grotter, med særegne naturtyper i fjorden, herunder bunn, bunnlevende organismer og organismer i vannmassene og en spesiell fauna med forekomst av arktiske og nordlige kaldtvannsarter. Det er en målsetting å beholde verneverdiene uten større grad av ytre påvirkning, og området skal kunne tjene som referanseområde for forskning og overvåking, herunder referanseområde for å kunne studere effekter av reketråling. Verneformålet knytter seg til sjøbunnen og vannsøylen.